20 Temmuz 1982 tarihinde Akdeniz Üniversitesi Isparta Mühendislik Fakülte'sine bağlı olarak kurulan fakültemiz, 5 Ocak 1985 tarihinde Eğirdir Su Ürünleri Yüksekokulu adıyla Isparta ilinden Eğirdir ilçesine taşınmıştır. 18 Haziran 1987 tarihinde ise doğrudan Akdeniz Üniversitesi'ne bağlanmıştır. 13 Temmuz 1992 tarihinde 3837 sayılı kanunla adı ve bağlantısı değiştirilen Yüksekokul, Isparta ilinde kurulan Süleyman Demirel Üniversitesi'ne bağlanarak Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi adını almıştır. 2018 yılında ise Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi bünyesine geçerek, eğitim-öğretim faaaliyetlerine devam etmektedir. Fakültemizde 8 yarıyıl (4 yıl) süren yüksek öğretimden sonra öğrencilerimiz "Su Ürünleri Mühendisi" ünvanı ile mezun olmaktadır. Su ürünleri mühendisliği lisans programına ek olarak 1985 yılından bu yana lisansüstü (yüksek lisans ve doktora) eğitimi de verilmektedir.